A kínai hörcsöggel ellentétben arövid farkú hörcsögök nemzetségébe tartoznak, amelyek farka még mozgás közben is alig látszik ki szőrmebundájuk alól. A dzsungáriai törpehörcsögök bundája sűrű és selymes, színe barnászürkés okkersárga. A dzsungáriai törpehörcsögöknek is jellegzetessége a háton, a fej közepétől induló fekete vagy feketésbarna hosszanti csík, amely a lapocka magasságában kiszélesedik. Fekete füleinek csúcsa világos. A dzsungáriai törpehörcsögök sajátossága, hogy a téli hónapokban teljesen vagy részlegesen fehér bundát viselnek. Ezzel a sarkvidéken élő állatokra hasonlítanak, amelyek télen a környezethez való alkalmazkodásként megváltoztatják bundájuk színét. A túlfűtött lakásban tartott állatokon e jelenség azonban gyengébben vagy egyáltalán nem mutatkozik. A sűrű szőrrel fedett hátsó lábak a további jellemzői ennek az igazán díszes megjelenésű törpehörcsög fajnak. A törpe jelző nem túlzás, mert az egész állat az orrától a farka végéig mindössze 6-10 cm hosszú. Kis farkocskája többnyire nem hosszabb 8 mm-nél.